Le concept d'immuno-incompétence du nouveau-né a cédé la place à la notion d'une compétence immunitaire réelle mais différente de celle de l'adulte. Ces différences se retrouvent à tous les niveaux du système immunitaire L'immunité non spécifique du nouveau-né est caractérisée par la diminution de la phagocytose, liée à la diminution du pool post-mitotique des polynucléaires. Les macrophages, présents en quantité normale, ont une production de cytokines réduite, entraínant une diminution de production d'interféron-γ par les lymphocytes T L'immunité spécifique se distingue par un défaut de production d'interleukines par les lymphocytes T auxiliaires, un défaut de coopération cellulaire et une diminution de production des immunoglobulines. Cette différence pourrait être liée à l'absence d'exposition préalable aux antigènes. L'immunisation en période néonatale entraîne une réponse mais celle-ci est de type TH2 Dans cette orientation TH2. l'environnement du fœtus pendant la gestation joue un rôle fondamental.