La colonisation bactérienne chronique du grêle est définie par la présence dans l'intestin grêle proximal d'une population bactérienne quantitativement et qualitativement anormale. Il faut d'emblée distinguer la forme asymptomatique de la forme responsable d'une diarrhée chronique et (ou) d'un syndrome de malabsorption. Le principal facteur favorisant la survenue d'une colonisation chronique du grêle est la stase du chyme intestinal. L'examen de référence pour confirmer le diagnostic est le tubage bactériologique du grêle, mais il s'agit d'une méthode fastidieuse et coûteuse, actuellement supplantée par le test respiratoire à l'hydrogène après ingestion de glucose. Le traitement repose principalement sur l'administration séquentielle d'antibiotiques et le support nutritionnel.