Les hémopathies malignes ont pour avantage de comporter un grand nombre de transcrits chimériques et, pour une partie d'entre elles, la possibilité d'étudier les réarrangements des chaînes variables des immunoglobulines ou du récepteur des lymphocytes T. Les leucémies aiguës et la leucémie myéloïde chronique ont fait l'objet des corrélations les plus détaillées entre la présence d'une maladie résiduelle et le pronostic. L'aspect quantitatif semble être un critère essentiel, mais l'absence de standardisation rend encore délicate la prise de décision clinique sur cette base. L'utilisation des techniques de PCR en temps réel devrait permettre de résoudre ces limitations. Les lymphomes non hodgkiniens ne sont en pratique, pour le moment, analysables que dans leur variété folliculaire par la recherche du réarrangement BCL2-J_H avec une incertitude encore plus grande sur la signification d'une positivité de la PCR en rémission complète. Les recherches de réarrangements des chaînes d'immunoglobulines ou du récepteur T permettent essentiellement des analyses physiopathologiques et des études d'efficacité des systèmes de purges médullaires, mais ont un intérêt limité en pratique clinique.