Les stomatites infectieuses sont bactériennes essentiellement à point de départ dentaire, virales réalisant le plus souvent une stomatite vésiculeuse et érosive, et fongiques secondaires à une modification de la flore saprophyte buccale. Le diagnostic est souvent clinique devant l'aspect caractéristique des lésions survenant dans un contexte évocateur. Lorsque l'aspect est moins typique ou lorsque le choix du traitement nécessite l'identification du germe, des prélèvements orientés sont effectués. Le traitement des stomatites virales est essentiellement symptomatique; celui des stomatites bactériennes et fongiques comporte 2 volets: le traitement spécifique de l'épisode aigu puis celui du terrain, en particulier bucco-dentaire.