Le séquençage du génome de l'homme et de la souris a montré que le patrimoine génétique de ces deux espèces comporte environ 30 000 gènes. Les phénomènes biologiques que l'on peut étudier dans un organisme ou un tissu résultent d'interactions complexes au sein de cette multitude de gènes. Avant de décrire ces interactions, il faut pouvoir comprendre la fonction de chaque gène. Chez la souris, les lignées congéniques permettent d'introduire un segment chromosomique dans un fonds génétique consanguin déterminé. On peut alors comparer les effets de différents allèles d'un même locus dans un fonds génétique identique ou l'effet d'un même allèle dans différents fonds génétiques. On peut également isoler dans des lignées congéniques différentes possédant le même fonds génétique les gènes contrôlant un caractère génétique complexe, puis combiner ces gènes par des croisements pour en étudier les interactions. Si le segment transféré dans une lignée congénique contient généralement plusieurs centaines de gènes, l'utilisation de marqueurs génétiques permet de réduire ce nombre, ainsi que le nombre de croisements nécessaire.