Le rôle délétère de certains micro-organismes de la flore intestinale est démontré sur des modèles de colite expérimentale chez l'animal et fortement suspecté chez l'homme au cours des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin surtout dans la maladie de Crohn et les pochites. Les probiotiques sont des micro-organismes non pathogènes qui, ingérés vivants, exercent une influence positive sur la santé ou la physiologie de l'hôte, en modulant la flore intestinale ou en stimulant le système immunitaire local. Le but de cet article est de rappeler le rôle de la flore intestinale au cours des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, le mécanisme de l'inflammation induite par cette flore et de revoir à travers la littérature, les différents essais thérapeutiques réalisés avec les probiotiques chez l'homme.