Dans la région du Kivu à l'Est de la République Démocratique du Congo, la malnutrition et le paludisme sont responsables d'une morbidité et mortalité importantes. La relation entre paludisme et malnutrition est controversée et cette association n'a, jusqu'à présent, pas été explorée dans cette région du Kivu. Nous avons analysé les données de 5 695 enfants âgés de zéro à cinq ans recueillies à l'admission à l'hôpital pédiatrique de Lwiro entre novembre 1992 et février 2004. Les indices poids pour âge (PPA) et poids pour taille (PPT) exprimés en écart type par rapport à la médiane de référence ont été calculés (Z score). L'association entre les indicateurs de la malnutrition protéino-énergétique et le paludisme a été mesurée par les rapports de prévalence en analyse univariée et les OR ajustés dérivés d'un modèle de régression logistique. La prévalence du paludisme à l'admission était de 35,8 % (n=5695). Les indices PPT et PPA et l'albumine sérique étaient associés à la morbidité liée au paludisme. En régression logistique, des OR élevés de paludisme ont été observés pour des valeurs élevées des indicateurs anthropométriques [Z score PPT > - 2: OR (IC à 95 %) 1,7 (1,4-2,2)] [Z score PPA> - 2: OR (IC à 95 %) 1,3 (1,1-1,6)] et biologiques [albumine sérique ≥ 23g/L: OR (IC à 95 %) 1,6 (1,2-2,1)] de l'état nutritionnel. Nos analyses mettent en évidence une association inverse entre la malnutrition et la prévalence de l'infection palustre.