Les héparines de bas poids moléculaire (HBPM) sont obtenues par dépolymérisation chimique ou enzymatique d'héparine non fractionnée (HNF). Les HBPM présentent plusieurs avantages, comparativement aux HNF: plus faible variabilité interindividuelle de l'effet anticoagulant, meilleure biodisponibilité, demi-vie plasmatique longue, et absence de nécessité de surveillance de l'effet anticoagulant. Les HBPM ont des indications limitées dans la fibrillation auriculaire (FA), encadrement de la cardioversion (niveau de recommandation II C, après échographie transoesophagienne pour ACC/AHA/ESC) et 2C pour les recommandations émanant de l'ACCP; elles sont également proposées comme traitement de relais chez les patients ayant un traitement anticoagulant au long cours, avant une chirurgie ou une procédure invasive (niveau de recommandation IIB, C pour ACC/AHA/ESC). L'étude ACE (Anticoagulation for cardioversion using enoxaparin) a montré une réduction non significative du critère de jugement principal (événement embolique, saignement majeur et décès) de 42 %: 2,8 % sous énoxaparine et 4,8 % sous traitement conventionnel, risque relatif 0,58, intervalle de confiance à 95 %, 0,23-1,46). D'autres études utilisant la daltéparine ont confirmé qu'un traitement anticoagulant utilisant les HBPM, suivi par un traitement anticoagulant oral, avait une efficacité au moins égale à un traitement conventionnel par HNF. L'étude ACUTE II (Assessment of cardioversion using transoesophagyl echocardiography), étude multicentrique randomisée, a comparé l'efficacité de l'énoxaparine administrée à la dose de 1 mg/kg deux fois par jour et une HNF chez 155 patients ayant une cardioversion pour FA guidée par ETO. Les héparines étaient administrées 24 heures avant l'ETO ou la cardioversion. Il n'y avait pas de différence significative sur le critère de jugement principal, en particulier la survenue d'accident ischémique cérébral, de saignement, et il n'y a pas eu de décès. L'étude HAEST (Heparin in acute embolic stroke trial), étude randomisée versus placebo, en double aveugle, a montré l'absence de supériorité d'une HBPM, comparativement à l'aspirine, chez les patients ayant un accident ischémique cérébral aigu et une fibrillation auriculaire. Enfin, les HBPM ont été proposées comme traitement de relais chez les patients sous traitement anticoagulant oral, avant chirurgie ou procédure invasive. Cette stratégie s'accompagne d'un faible risque thromboembolique et de saignement majeur.