La physiopathologie du syndrome de l'intestin irritable (SII) ne se limite plus à un trouble de la motricité. Des données de plus en plus nombreuses plaident en faveur d'une maladie multifactorielle au cours de laquelle l'hypersensibilité viscérale joue un rôle clé. L'hypersensibilité viscérale peut résulter d'une inflammation digestive, d'anomalies de la perméabilité intestinale, d'une anomalie dans le traitement spinal et/ou supraspinal du message sensitif ou nociceptif d'origine digestive, d'un dysfonctionnement du système nerveux autonome. Les neurosciences grâce aux nouvelles techniques de neuro-imagerie, permettent progressivement de mieux appréhender la physiopathologie du SII et de comprendre le rôle joué dans la genèse des symptômes les relations neuro-immunes qui existent au cours du stress aigu et chronique, les émotions et les troubles de l'humeur. La meilleure connaissance de ces relations neurodigestives dans les conditions normales et au cours du SII apparaît un point crucial pour l'avenir afin de dégager de nouvelles cibles pour le traitement et proposer de nouvelles approches thérapeutiques médicamenteuses et/ou cognitivo-comportementales.