La recherche de biomarqueurs diagnostiques, pronostiques ou évolutifs est devenue un enjeu crucial pour la prise en charge des patients atteints de pathologies complexes et en particulier de cancers. La protéomique clinique est une approche majeure permettant l'identification de ces biomarqueurs mais elle pose des problèmes de reproductibilité, de mise en place de procédures opératoires et de contrôle qualité en particulier pour les étapes préanalytiques. L'assurance de la qualité et de la reproductibilité de ces analyses passe ainsi par un contrôle de l'intégrité initiale des échantillons avec la standardisation des conditions de prélèvement, de conservation et de stockage. Dans cette optique, des actions visant à proposer des recommandations préanalytiques en protéomique clinique ont été menées au sein de l'Institut national du cancer (INCa) et de la Société française de biologie clinique (SFBC). Des travaux communs ont permis de finaliser des recommandations pour les fluides biologiques suivants: plasma, sérum, urine et liquide céphalorachidien. Ces recommandations sont destinées à favoriser une homogénéisation des étapes de recueil, de conditionnement et de stockage des échantillons dans les centres de ressources biologiques et pour les projets de recherche de biomarqueurs utilisant les techniques récemment développées dans le domaine de l'analyse protéomique. Ces recommandations n'empêchent pas la possibilité d'utiliser des protocoles opératoires différents ; cependant, la conservation d'échantillons recueillis et stockés de manière homogène entre tous les centres permettra à moyen terme de constituer une banque biologique remarquable et indispensable pour des études multicentriques et de haut niveau dans le domaine de la protéomique en santé humaine.