La greffe de cellules souches hématopoïétiques, largement utilisée ces dernières décennies, représente l’ultime recours comme traitement curatif pour certains patients atteints d’hémopathies malignes. À long terme, le succès du traitement par la greffe de cellules souches hématopoïétiques est surtout affecté par la récurrence de la maladie, le rejet de greffe ou une maladie du greffon contre l’hôte. Dans ce cadre, les analyses de chimérisme permettent d’évaluer la prise de greffe mais également de découvrir très précocement la rechute. Des études rétrospectives ont démontré l’intérêt de cette analyse sur le devenir des patients greffés. De plus, l’analyse du chimérisme sur des populations cellulaires spécifiques triées a également établi que l’on pouvait augmenter la sensibilité de détection de la rechute de la maladie. La détermination du chimérisme permet d’intervenir efficacement avant l’apparition des signes cliniques chez les patients atteints d’hémopathies malignes ayant un haut risque de rechute et également de contrôler l’expression de la maladie résiduelle lorsque les marqueurs moléculaires spécifiques sont absents.