Petite protéine sécrétée principalement par les neutrophiles, la calprotectine fécale est à ce jour reconnue comme un marqueur fiable, simple et non invasif de l'inflammation du tube digestif. Sa norme varie en fonction de l'âge avec des valeurs-seuils plus élevées la première année de vie (< 350 μg/g) que chez l'enfant (<275 μg/g) ou l'adulte (<50 μg/g). Son dosage peut être un outil utile dans le bilan initial de douleurs abdominales récidivantes, aidant à la distinction entre des douleurs d'origine fonctionnelle, où elle est normale, et une maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI). La calprotectine fécale n'est pas un marqueur spécifique d'une MICI mais est augmentée dans d'autres situations d'inflammation du tube digestif. Chez les patients avec une MICI, elle permet de suivre l'efficacité du traitement.