La migraine est une maladie cérébrale complexe qui implique dans sa physiopathologie de nombreux circuits neuronaux et de nombreux neurotransmetteurs. Le point de départ de la crise migraineuse reste l’objet d’un grand débat, mais l’hypothalamus, avec ses multiples connexions avec d’autres parties du système nerveux central et son contrôle souverain sur la glande hypophysaire et le système nerveux autonome, est un candidat très sérieux. Beaucoup des symptômes prémonitoires de la crise trouvent leur origine dans l’hypothalamus. Le lien entre les fluctuations hormonales et la migraine chez la femme trouve son origine dans l’hypothalamus. La mise en jeu de l’hypothalamus a un effet anti-nociceptif largement démontré, mais cela n’exclut qu’il puisse aussi induire la douleur migraineuse par un mécanisme de désinhibition des voies centrales de la douleur. L’hypothalamus contrôle l’équilibre des systèmes sympathique et parasympathique, largement impliqués dans la migraine. Les orexines, hormones d’origine hypothalamique, sont impliquées dans l’équilibre des cycles du sommeil, de l’alimentation et de la thermorégulation et dans les fonctions neuroendocriniennes, autonomiques et nociceptives. Elles pourraient jouer un rôle déterminant dans l’origine de la crise migraineuse et expliquer l’influence du sommeil, du comportement alimentaire et du surpoids dans la survenue des crises. Une activation de l’hypothalamus a été mise en évidence en TEP dans les premières heures de la crise migraineuse, mais en l’absence d’enregistrements faits pendant la phase prémonitoire, il est impossible de dire si cette activation est la cause ou la conséquence de la douleur migraineuse.