Les deux indications princeps de la clonidine en pédopsychiatrie sont le trouble hyperactivité avec déficit de l'attention (THDA) et la maladie de Gilles de la Tourette. Dans le premier cas (THDA), la clonidine (4 à 5 μg/kg/j) engendre 25 à 50% d'amélioration avec des effets secondaires minimes. La comparaison de la clonidine avec le méthylphénidate (MPH) dans cette pathologie a permis de dégager une action différente de ces deux médicaments sur des symptômes cibles: la clonidine est plus efficace que le MPH sur l'hyperactivité motrice et «l'hyperéveil». Le MPH est par contre plus efficace que la clonidine sur la distractibilité et l'attention.