Avant le développement de la thrombolyse, l'héparine était largement utilisée à la phase aiguë de l'infarctus du myocarde. Sa prescription reposait sur des études, souvent critiquables d'un point de vue méthodologique qui démontraient une diminution pour certaines de la mortalité hospitalière pour d'autres du taux de réinfarctus, des thrombus du ventricule gauche voire des complications thromboemboliques veineuses. L'amélioration des connaissances physiopathologiques et le développement des méthodes de reperfuslon d'urgence (médicamenteuse ou mécanique) a prouvé que le véritable enjeu de la prise en charge d'un infarctus du myocarde à la phase aiguë était la réouverture de l'artère occluse mais aussi le maintien de cette perméabilité. La réocclusion, qui survient dans 20 % des cas est en effet associée à une augmentation de la morbimortalité hospitalière. L'héparine, en limitant l'élévation paradoxale de la thrombine au décours de la thrombolyse a montré qu'elle diminuait significativement ce risque. Les deux études de référence sur le bénéfice de l'héparine en association à une thrombolyse, GISSI-2 et ISIS-3. ont montré une diminution significative de la mortalité au 7° jour mais pas de réduction significative de la mortalité au 35^e jour. La mauvaise qualité du protocole d'anticoagulation, notamment pour les patients thrombolysés par rt-PA suffit cependant à expliquer ces résultats décevants. Ainsi, il est maintenant clairement établi que l'héparine, même si elle augmente le nombre de complications hémorragiques, doit être associée précocement et à posologie adaptée à toute thrombolyse ou à tout geste de désobstruction en phase aiguë d'infarctus du myocarde. En dehors de complications emboliques voire de thrombus ventriculaire, cette anticoagulation ne semble se justifier que les 48 premières heures.