Aux faibles doses (≤ 10 mg/m²), environ 70 pour cent du méthotrexate (MTX) administré per os sont absorbés tant à jeun qu'en présence d'aliments. Le médicament se lie peu à la sénimalbutiiine (42-57 pour cent). Moins de 10 pour cent sont métabolisés en 7-OH-MTX et une partie forme des polyglutamates dont l'accumulation intracellulaire expliquerait l'action prolongée du MTX en dépit d'une assez courte demi-vie d'élimination plasmatique. L'excrétion est principalement urinaire, sous forme inchangée surtout, d'où la nécessité d'une surveillance régulière de la fonction rénale. Le MTX subit un processus de réabsorption et de sécrétion tubulaire qui sous-tend certaines interactions. La biodisponibilité du MTX serait peu influencée par la voie d'administration, orale, intramusculaire ou sous-cutanée. Elle est en revanche sujette à une très grande variabilité interindividuelle tout en restant stable dans le temps chez un malade donné. Aucun paramètre pharmacocinétique n'est corrélé à l'efficacité ni à la toxicité du MTX dans la polyarthrite rhumatoïde.