Les protozoaires sont des organismes eucaryotes uni-cellulaires hétérotrophes; la majorité d'entre-eux ne sont pas pathogènes pour l'homme. Cependant la pathologie induite par les parasites protozoaires est d'une importance considérable dans certains pays tropicaux par le nombre de malades, la gravité des tableaux cliniques observés et leur pronostic. L'étude anatomo-pathologique des protozoaires a suscité des recherches particulièrement intéressantes ces dernières années. La recherche d'un protozoaire dans un tissu est indiquée lorsqu'il s'agit de parasites complexes ou intratissulaires. L'ensemble des critères morphologiques permettant un diagnostic de protozoose en précisant le genre et l'espèce est analysé dans cette revue ainsi que le diagnostic différentiel. Les nouveaux agents pathogènes observés au cours de l'infection par le VIH ou de l'immuno-suppression en général sont également étudiés.