Il existe peu de données dans la littérature sur les gastrites et colites microscopiques de l’enfant et le diagnostic est souvent fait tardivement au moment de l’installation des complications. Nous rapportons le cas d’une fille de 10 ans chez qui le diagnostic a été fait plusieurs années après le début des symptômes, suite à l’apparition de complications. Après un premier bilan étiologique infectieux, inflammatoire et auto-immun négatif, l’endoscopie avec analyse anatomopathologique a révélé des lésions de fibrose collagénique dense avec un infiltrat inflammatoire non granulomateux en faveur d’une gastrite et d’une colite microscopique de type collagène. Les symptômes ont régressé sous corticothérapie orale (budésonide), avec toutefois une dépendance au traitement. La prise en charge de cette pathologie n’est pas protocolisée pour le moment. Il semble que le traitement par budésonide soit le plus efficace mais les rechutes sont fréquentes à l’arrêt. Cette observation illustre l’importance d’être vigilant devant les troubles du transit chez l’enfant en cas de retentissement sur la croissance staturopondérale. L’endoscopie digestive doit être réalisée devant un tableau évocateur d’une diarrhée de cause organique avec un premier bilan étiologique négatif.