>Depuis 1995, nous avons accès à l'information génétique complète d'un nombre croissant d'organismes vivants très divers. Cette explosion d'informations impose des changements profonds dans de nombreuses disciplines scientifiques, particulièrement en bio-informatique et en génétique moléculaire. L'un des plus importants défis est de prédire et d'annoter les fonctions de la plupart des produits de gènes de façon à la fois rapide et exhaustive, en tenant compte des interactions moléculaires entre les différents éléments prédits (expression de la régulation des gènes et données métaboliques). Au-delà de l'information fournie par la séquence complète des génomes, ces dernières analyses requièrent des données complémentaires issues de l'étude du transcriptome et du protéome. Aussi, de nouvelles infrastructures informatiques, intégrant différents niveaux d'annotation de séquences et de prédiction des fonctions biologiques, vont devenir indispensables. Cette revue est destinée à décrire les démarches permettant l'annotation in silico des séquences génomiques d'organismes procaryotes et eucaryotes. Un regard spécifique est porté sur les problèmes auxquels se heurte tout annotateur, ainsi que les voies de recherches actuelles dans ce domaine.