Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH), ou système HLA chez l'homme, est localisé sur le bras court du chromosome 6 (bande 6p21.3) où il occupe une région de 3 600 kilobases. La région HLA, totalement séquencée en 1999 [1] porte plus de 200 gènes codant pour des produits très divers, ce qui en fait la région du génome humain la plus riche en gènes exprimés. Les principaux produits codés dans le CMH sont les antigènes majeurs d'histocompatibilité, protéines dites allogéniques responsables du rejet de greffe entre individus de la même espèce (encadré 1). Le CMH est par convention subdivisé en 3 régions (figure 1) dont les gènes codent pour des produits qui diffèrent par leur localisation, leur structure et leur fonction : - la région de classe I, la plus télomérique, contient les gènes de classe I classiques HLA-A, B, C, ainsi que des gènes HLA de classe I dits non classiques (HLA-E, F et G, MICA et MICB, le gène HFE impliqué dans l'hémochromatose familiale), et de nombreux autres gènes dont la fonction n'est actuellement pas connue ; - la région de classe II, la plus centromérique, contient les gènes HLA de classe II DR, DQ et DP, ainsi qu'une série de gènes codant pour des produits intervenant dans les voies de présentation antigénique (gènes LMP, TAP, DM, DO) ; - la région de classe III, intermédiaire, ne contient pas de gènes d'histocompatibilité à proprement parler, mais des gènes codant pour des produits intervenant dans la réponse immunitaire : certains facteurs du complément (C2, C4A, C4B et Bf), facteurs nécrosant des tumeurs (TNFalpha et beta), protéines de choc thermique (HSP 70.2, 70.1 et AOM) ainsi que des gènes qui n'ont a priori rien à voir avec la réponse immune, tels que le gène CYP21-B codant pour la 21 hydroxylase. Au total, 40 % des gènes du CMH jouent un rôle dans la réponse immune. Ce regroupement (clustering) de gènes de l'immunité dans une même région n'est sans doute pas le fruit du hasard, mais serait le reflet d'une coévolution fonctionnelle [2].