Un traitement antibiotique est efficace lorsque des concentrations thérapeutiques sont obtenues au niveau du site infecté. Cet article passe en revue la biodisponibilité des antibiotiques administrés par voie locale ou générale. Parmi les molécules disponibles par voie locale, les fluoroquinolones et l'acide fusidique ont la meilleure pénétration intra-cornéenne et intra-camérulaire. Le chloramphenicol, molécule de petite taille, pénètre dans la chambre antérieure, mais pas toujours à doses bactéricides. Son passage sanguin est très faible, et la preuve d'un risque accru d'anémie aplasique avec l'utilisation du chloramphenicol collyre n'est pas formellement établie. Les molécules pénétrant dans le globe oculaire par voie générale sont la fosfomycine, l'imipénème, certaines céphalosporines de troisième génération, les fluoroquinolones et les uréidopénicillines. La pénétration des molécules antibiotiques dans l'oeil est favorisée par l'infection, l'abrasion de l'épithélium cornéen, l'augmentation de la fréquence des doses ou l'administration par le biais d'un biomatériau avec effet réservoir (lentilles souples hydrophiles ou inserts de collagène). Les association antibiotiques-anti-inflammatoires sont également un moyen de rendre certains sites mieux accessibles aux antibiotiques. Le choix du traitement doit comprendre la ou les molécules utilisées, la posologie et la voie d'abord, et être adapté à la nature du germe à traiter et au site de l'infection.