En dépit des progrès technologiques importants, la reproductibilité des résultats de dépistage des autoanticorps antinucléaires reste préoccupante. Des études récentes, Européennes et Nord Américaines arrivent toutes au même constat. Pour l'immunofluorescence, le coefficients de variation (CV) des résultats classés en positifs ou négatifs, est proche de 40%. Pour les méthodes ELISA ou immunoblot, la sensibilité, la spécificité et la reproductibilité sont souvent mauvaises. Les maladies autoimmunes étant rares, le risque est d'avoir plus de faux positifs que de vrais. Les contrôles de qualité internes et externes sont nécessaires mais insuffisants à garantir la validité des résultats. L'hétérogénéité des épitopes reconnus par les autoanticorps, qui de surcroît sont souvent conformationnels et susceptibles de disparaître après dénaturation, pourraient expliquer les différences entre substrats.