Le génie génétique laisse espérer une domestication complète des organismes vivants qui nous sont utiles. Afin d'en tirer les bénéfices escomptés, il importe de s'entourer des précautions nécessaires pour d'éviter des conséquences dommageables à notre environnement. L'origine de ces phénomènes éventuels doit être recherchée à différentes échelles d'analyse. En premier lieu dans la différence entre un transgène et un gène natif manipulé par des méthodes d'amélioration des plantes classiques. Puis il faut s'interroger sur les conséquences liées directement aux procédés de la transgénèse. II convient aussi d'examiner le devenir du produit direct du gène qui est le premier maillon des chaînes de conséquences attendues ou non. Enfin, ce sont les caractéristiques des plantes modifiées, qui doivent être analysées tout en essayant de dégager ce qui est nouveau par rapport à l'amélioration des plantes conventionnelle. A ce niveau, les bénéfices attendus en terme d'avantage environnemental sont évoqués, pour autant que l'on puisse facilement augurer des conséquences d'une innovation dans un système complexe. Les effets indirects à l'échelle des communautés végétales et au niveau des sociétés sont également pris en compte. Il ne faut cependant pas s'attendre à des effets spectaculaires à court terme, mais plutôt à des modifications lentes mais irréversibles.