Le groupe linguistique afro-asiatique occupe un domaine géographique à cheval entre Afrique et Asie, une répartition qui pose la question de la localisation du berceau de cette famille. Linguistique, génétique des populations et archéologie se sont penchées sur cette question sans toutefois parvenir à y répondre. La spécificité des approches de chacune de ces disciplines, ainsi que leur nature interprétative, rendent la question du foyer encore plus complexe et appellent à une reformulation méthodologique de cette problématique. Cet article constitue une réflexion méthodologique sur la problématique de l'évolution d'un phylum linguistique et tente de définir un cadre théorique global pour aborder l'évolution des populations humaines de façon syncrétique, biologique et culturelle à la fois. Nous y présentons une revue critique des approches linguistiques et extra-linguistiques de la question du foyer de l'Afro-Asiatique. Nous proposons une méthodologie unique tenant compte des limites observées dans les approches actuelles et passées sur cette question, de considérations propres à chacune des disciplines concurrentes ainsi que des incidences dues à la nature même des données disponibles.