La bactérie Helicobacter pylori est associée à diverses pathologies de sévérités variables, dont la gastrite chronique, l'ulcère peptique, le lymphome MALT et l'adénocarcinome gastrique. Cette extrême variété de pathologies s'explique, au moins en partie, par l'hétérogénéité de la quasiespèce H. pylori. Le mosaïcisme, illustré par le gène de la toxine vacuolisante (vacA) et les gènes non conservés, tels ceux de l'îlot de pathogénicité cag, contribuent à la diversité génétique du micro-organisme. En outre, des déterminants non protéiques, comme le lipopolysaccharide, participent également à l'hétérogénéité de H. pylori. A l'inverse de ces facteurs qui sont différentiellement exprimés parmi les souches de H. pylori, la mobilité et la forte activité uréasique constituent des traits communs à tous les isolats cliniques. Ces deux propriétés sont indispensables à la colonisation persistante de la muqueuse gastrique. Le présent article propose une revue non exhaustive de facteurs de virulence variables et conservés, abordés sous l'angle de la génétique et de la biologie moléculaire. Les analyses moléculaires, qui culminent avec le récent séquençage du génome de H. pylori, apportent certaines réponses et posent de nouvelles questions dans la problématique H. pylori.