Les rotavirus sont répandus dans l’ensemble du règne animal et sont responsables chez l’homme de la majorité des gastroentérites aiguës du nourrisson. Leur génome comporte 11 segments d’ARN bicaténaire correspondant à 11 gènes. Les rotavirus présentent une variabilité génétique qui se traduit par une grande diversité antigénique et génotypique, observée dans les études épidémiologiques. Les mécanismes génétiques présidant à cette variabilité sont les mutations ponctuelles, retrouvées chez la plupart des virus à ARN, les réassortiments génétiques, liés à la nature segmentée du génome, et les réarrangements génomiques, mécanisme rare mis en évidence lors des infections chroniques survenant chez les enfants immunodéprimés. Les réassortiments génétiques observés in vivo entre des rotavirus de même espèce ou d’espèces différentes peuvent être très facilement reproduits expérimentalement. Ils constituent à ce titre un outil génétique servant notamment à l’identification du phénotype biologique correspondant à un gène. L’utilisation de rotavirus réassortants a également servi à la mise au point des vaccins tétravalents, permettant une protection des enfants âgés de moins de 2 ans vis-à-vis des quatre sérotypes de rotavirus les plus fréquemment observés (G1, G2, G3 et G4), et actuellement en cours d’essais cliniques. La génétique moléculaire a permis, grâce au clonage des gènes de rotavirus, de définir d’autres modèles vaccin aux : vaccination par ADN purifié (gene gun), vaccination par les VLP (virus-like particles). En revanche, les tentatives de mutagenèse dirigée, visant à réintroduire un gène modifié in vitro dans un virus infectieux (génétique inverse) n’ont pour l’instant pas abouti.