Plus des deux tiers des cancers du sein sont hormonodependants et justifient, surtout en situation adjuvante, un traitement hormonal, par tamoxifène ou antiaromatases. Des polymorphismes de gènes impliqués dans le métabolisme de ces médicaments peuvent influencer leur efficacité et toxicité. Le cas le plus documenté est celui du cytochrome P450 2D6 (CYP2D6), qui active le tamoxifène en endoxifène, pour lequel de nombreux variants dépourvus d' activité ont été identifiés. Il existe une grande diversité dans la capacité individuelle d'activation du tamoxifène, et les patientes ayant un faible degré d'activation sont à risque de récidive précoce. En outre, certains antidépresseurs actifs contre les effets secondaires du tamoxifène inhibent le CYP2D6, et peuvent également augmenter le risque de récidive précoce. Plusieurs autres gènes ont fait l'objet d'études encore préliminaires, dont les résultats devront être confirmés avant d'être pris en compte pour l'individualisation des traitements.