De nombreuses études ont rapporté la présence de kystes de l'ovaire avant ou au cours des stimulations de l'ovulation avec ou sans analogues du GnRH. Le retentissement de ces kystes sur la stimulation de l'ovulation reste discuté. La conduite à tenir lorsque les kystes surviennent avant toute stimulation de l'ovulation n'est pas clairement établie. Par contre, lorsque les kystes surviennent sous analogues du GnRH, il est démontré que si le taux d'oestradiol plasmatique est bas, on peut sans modifier les taux de succès négliger les kystes.