L'homme est entouré d'une multitude d'espèces fongiques et seules quelques-unes peuvent s'adapter à une vie parasitaire. Peu d'espèces sont des pathogènes obligatoires (dermatophytes, champignons dimorphiques...) et la plupart sont des opportunistes ne montrant leur virulence que sur des terrains affaiblis. Le complexe hôte-parasite est indissociable. Candida albicans, par exemple, commensal habituel du tractus digestif peut proliférer de façon dramatique lors d'une altération des défenses de l'hôte. Cette modification de comportement du mycète s'accompagne de variations phénotypiques (apparition de formes filamenteuses, variation de l'hydrophobicité...) mais aussi biologiques, génétiques et antigéniques. L'infectiosité d'un mycète chez son hôte nécessite sa colonisation et son adhérence, sa pénétration, sa multiplication et sa survie. Les facteurs de défense de l'hôte interviennent sur le pouvoir pathogène du champignon. Il existe des mécanismes non spécifiques humoraux et cellulaires et d'autres plus spécifiques impliquant les anticorps, les lymphocytes T et les cytokines.