Les graines de soja contiennent de nombreux facteurs antinutritionnels dont la plupart sont thermolabiles. Mûres, elles ne sont pas consommables crues. Parmi les facteurs antinutritionnels thermolabiles, les inhibiteurs trypsiques, les lipoxygénases et les lectines sont les facteurs les plus importants réduisant la qualité nutritionnelle. La composition des graines de soja en inhibiteurs trypsiques varie en fonction des différentes variétés de graines. L'inhibiteur trypsique, l'uréase, la lipoxygénase et les lectines sont utilisés comme indices d'un traitement adéquat des produits à base de soja. L'inhibiteur trypsique est responsable de 30 à 50 % de l'effet inhibiteur de croissance et de presque toute l'hypertrophie du pancréas des animaux nourris avec des tourteaux de soja cru. Les lipoxygénases sont des facteurs importants dans la formation de composés de la flaveur secondaire par hydroperoxydation des acides gras et par interaction avec les protéines dans les farines, les concentrats et les isolats. Les hydroperoxydases affectent aussi la couleur et la valeur nutritionnelle par une diminution des acides gras essentiels et de certaines vitamines. Les lectines sont des protéines agglutinant les érythrocytes des animaux supérieurs. La lectine de soja peut inhiber la croissance et induire des changements considérables dans la physiologie du pancréas et de l'intestin grêle. L'uréase semble ne pas avoir d'effet physiologique chez l'homme mais peut entraîner des effets toxiques chez les animaux nourris avec du soja cru. Les lipoxygénases sont les facteurs antinutritionnels les plus thermolabiles suivies de l'uréase et des inhibiteurs trypsiques. L'inactivation de la lectine par un traitement thermique humide ressemble beaucoup à celle de l'inhibiteur trypsique. Bien qu'un traitement thermique du soja soit nécessaire, un chauffage excessif provoque une perte de valeur nutritionnelle en diminuant le coefficient d'efficacité protéique (CEP). Il affecte également les caractéristiques fonctionnelles du soja. Le traitement thermique n'a pas besoin d'être basé sur une inactivation totale des composés antinutritionnels ; il doit l'être sur l'inactivation du facteur le plus thermorésistant considéré comme « le facteur limitant » du procédé tout en maximisant la rétention de nutriments. Un compromis entre l'inactivation des facteurs antinutritionnels et la conservation de la qualité nutritionnelle et des propriétés fonctionnelles des produits est toujours le plus important et des plus difficiles à obtenir.